半个世纪来，数学与系统科学研究院荟萃了我国一大批著名数学家和系统科学家，在理论研究和实际应用方面，为我国数学和系统科学的发展以及国民经济和国防建设做出了重要贡献，获得各种科技奖励近500余项，其中包括首届国家最高科学技术奖（吴文俊），4项国家自然科学奖一等奖（华罗庚“典型域上的多元复变数函数论”、吴文俊“示性类与示嵌类的研究”、陈景润和王元等“哥德巴赫猜想研究” 、冯康等“哈密尔顿系统的辛几何算法”），2项国家科技进步奖特等奖，22项国家自然科学二等奖以及若干重要国际学术奖励。

为了奖励在知识创新研究工作中取得的突出科研成果,鼓励科研人员积极探索,勇于创新,推动数学与系统科学的发展,更好地为研究院创新文化建设服务，数学院自2003年开始设立了突出科研成果奖，以表彰近年来取得或受到国际同行高度评价的优秀成果。